為迎接分生技術時代的來臨，教育部於民國７３年７月１日在本校專案設立全國大專院校唯一的遺傳工程中心，賦予引進遺傳工程有關技術、從事相關生物技術的研發、協助校內生物技術有關人力及課程之整合。民國９０年為因應時代之需要，由校務會議通過將原有遺傳工程中心更名改組為生物科技發展中心，經教育部核備後納入學校組織章程，同年８月起正式運作。目前中心主要任務除了各項生物科技專業人才培育外，更整合加強相關資源，以追求學術研究上之卓越表現；同時也擇定國家重點產業從事研發，期能協助台灣生技產業的轉型與升級。
遺傳工程中心的成立，肇始於民國70年李崇道校長接掌中興大學之時。李校長鑒於當時遺傳工程技術的快速發展，為迎合現實之需要及提升生物科技的研究水準，特別指示成立遺傳工程中心籌備處，進行各項成立工作之規劃及評估。在經過詳細籌畫之後，於民國７２年向教育部爭取成立遺傳工程中心。民國７２年１１月申請獲得行政院核准，７３年７月１日正式成立。當時遺傳工程中心之主要任務包括自行研究、引進遺傳工程有關新技術、開發生物科學研究、協助有關系所訓練研究人才、並協助中興大學在有關生物技術人才及課程方面的整合。
遺傳工程中心剛成立時是一個跨學院的研究單位，肩負協助相關系所訓練生技研究人才之任務，與一般系所的教學性質不同。為求中心行政業務之推廣更能支援研究及教學起見，乃於民國７８年經校務會議通過遺傳工程中心設置辦法修正案，中心設置指導委員會，以校長為主任委員，成為隸屬於學校之一級單位，並於民國７８年６月２０日獲教育部核准。
民國７３年遺傳工程中心正式成立時，由李崇道校長聘請曾義雄教授兼任第一任中心主任(７３年７月～７９年７月)。當時由行政院正式核定之編制為教授２名，助理研究員６名，技術員２名，辦事員１名，技工１名。第二、三任遺傳工程中心主任均由徐堯煇教授擔任(７９年８月～８５年７月)；第四任遺傳工程中心主任由胡念台教授擔任(８５年８月～８７年７月)。歷任主任皆對中心發展竭盡心力，貢獻卓著。
民國８７年８月，基於遺傳工程技術不斷推陳翻新，且校內各院系在分子生物的研究上也逐漸步上軌道，於是遺傳中心被賦予新的階段性任務。遺傳中心由原本著重的基礎研究，擴大為學術研究、技術開發、產學合作、推廣教育等四大方向。轉型後的遺傳工程中心主任首由植病系曾德賜教授兼任(８７年８月～９０年７月)，致力協助校方推動執行各項任務。
９０年４月，中興大學為因應現代生物科學及技術快速發展之需要，在薛敬和代理校長領導規劃下，經校務會議通過，並報教育部核備，「遺傳工程中心」自此改名為「生物科技發展中心」。中心下設教學、研發、服務推廣三組，各置組長一名，由校內教師兼任，繼續推動學校及中部地區生物科技相關教學、研發、服務推廣等項工作。95年起更肩負了本校執行教育部「頂尖計畫」之重要工作。尤其在95～106年協助本校執行「教育部-頂尖大學計畫」。107年起協助執行「教育部-高教深耕計畫」等相關重大工作。
第一任生物科技發展中心主任由植病系葉錫東教授兼任（９０年８月～９３年７月），負責規劃及執行各項前導性之相關業務；第二任主任由分生所陳良築教授兼任（９３年８月～９４年３月）；第三任主任由生物科技學研究所楊長賢教授兼任（９４年４月～１００年７月），第四任主任由生命科學系黃介辰教授兼任（１００年８月～１０4年７月），第五任主任由植病系詹富智教授兼任（１０4年８月～１０8年1月），第六任主任由生醫所陳健尉教授兼任（１０8年2月～112年７月），第七任主任由基資所侯明宏教授兼任（112年8月～迄今）繼續推動校內生物科技相關教學、研發、服務推廣等業務。
遺傳工程中心於民國７３年成立時，當初並沒有自己的館舍，只能暫居在理工大樓內。直到畜牧系遷新館之後，舊畜牧館經重新整修而成為遺傳工程中心的館址。民國７４年８月遷入，並於７５年１月由貢穀紳校長題字、揭幕、正式啟用。(下左圖：遺傳工程中心舊館）
民國８６年生命科學大樓完工，遺傳中心於當年4月遷入生命科學大樓１１、１２樓 (上中圖）一直至９７年１月。
９４年中興大學與農委會動植物防疫檢疫局（台中分局）於國光路/南門路口合作新建「動植物防疫檢疫大樓」，９５年１２月竣工 (上右圖），生物科技發展中心於９７年２月１日遷入該大樓之５、６樓。新大樓內設置中心辦公室、教學核心實驗室、研究核心實驗室、電腦資訊教室、教師/研究人員辦公室，完善的設備，提供良好的教學及研究環境，有助於中心使命之達成。98年～99年「動植物防疫檢疫大樓」7～9樓增建工程完工，提供了更充裕的教學研究空間。
