近十年來，日趨成熟的核酸定序與電腦分析演算技術促成了多種生物的基因體解碼，「微生物基因體學」成為二十一世紀最熱門的研究領域之一，同時也開啟了未來生命科學與微生物學新的研究的方向。另一方面，台灣為全球認定農業技術前十二強的國家之一，因此在既有的農業技術基礎上，運用生物技術來發展高附加價值的農業產品，將會是未來國家發展之重要目標。因此，「微生物基因體學學位學程」結合了中央研究院微生物與基因體的專業團隊，以及中興大學之生物資訊、生物科技、與微生物相關人力與資源，共同加強微生物基因體學之的研發，以期未來提供創新技術可快速篩選出具有開發潛力的微生物族群，並配合生物技術加速與改良此農業新資材的發展，以達到永續農業的目標。本學程之宗旨，乃培育專業微生物基因體學之人才，以探討不同微生物及微生物聚落之構造及功能、並瞭解其基因體形成之演化過程。所訓練之人才將可充份利用微生物之多樣性，從事基礎、農業生技或生物醫學之研究及產業開發。
「微生物基因體學博士學位學程」主要研究領域為：微生物基因體學、微生物遺傳學、生物多樣性及演化、環境微生物學、微生物病理及代謝工程。未來發展之重點希望能促進基礎研究與應用科學結合，開發新的生命科學研究方向及促進農業生物科技及生醫產業的發展。為培養學生具能力從事跨領域之微生物遺傳及基因體學研究之基礎，本學程規畫四大學群：
本學位學程設有委員會，由雙方共同組成。召集人下並有「執行委員會」、「招生委員會」、「教務委員會」、及「學生事務委員會」共同執行學程之運作。
| 委員會 | 委員名單 | |
| 總召集人 | 中研院 － 廖俊智 院長 | |
| 中興大學 － 詹富智 校長 | ||
| 執行委員會 | 主席 | 中研院 召集人 - 葉信宏 副研究員 |
| 中興大學 召集人 － 侯明宏 教授 | ||
| 委員 | 招生委員會主席 － 葉信宏 副研究員 、詹富智 教授 | |
| 教務委員會主席 － 賴爾珉 研究員 、 吳明城 副教授 | ||
| 學生事務委員會主席 － 呂俊毅 研究員、 王升陽 教授 | ||
| 諮詢委員會 － 李文雄 院士 | ||
| 招生委員會 | 主席 | 中研院 － 葉信宏 副研究員 |
| 中興大學 － 詹富智 教授 | ||
| 委員 | 中研院 － 方素瓊 研究員、劉明容 副研究員 | |
| 中興大學 － 侯明宏 教授、宣詩玲 教授 | ||
| 教務委員會 | 主席 | 中研院 － 賴爾珉 研究員 |
| 中興大學 － 吳明城 副教授 | ||
| 委員 | 中研院 － 俞聖法 研究員 | |
| 中興大學 －楊俊逸 教授、李敏惠 教授、呂維茗 副教授 | ||
| 學生事務委員會 | 主席 | 中研院 － 呂俊毅 研究員 |
| 中興大學 － 王升陽 教授 | ||
| 委員 | 中研院 － 高承福 研究員 | |
| 中興大學 － 黃姿碧 教授 | ||