蛋白質體學是後基因體時代之研究主流，質譜分析更是目前蛋白質體研究的一項利器。 本校由周三和教授卓越計畫購置精密的介質輔助雷射脫附游離-飛行時間式質譜儀系統 (MALDI-TOF, Voyager - DE PRO) 以及四級棒-飛行時間式串聯質譜儀系統(Q-TOF, QSTAR XL)，由生物科技發展中心於93年成立蛋白質譜核心實驗室，同時亦於93年起支援教育部暑期人才培育計畫「基因體與蛋白質體學領域」之實驗教學。 為了提供最佳的蛋白質體研究工具與環境以服務校內師生，自 94年 4月提供蛋白質譜鑑定分析服務。 95年及103年由教育部頂尖計畫經費支援分別購置線性離子阱式質譜分析系統(LTQ XL)及高解析串聯式質譜儀系統(TripleTOF® 6600)，使核心實驗室之設備更加完善。 在專業支援方面，亦於95年聘請分生所賴建成老師加入服務的行列，提供諮詢服務及其他專業上之協助。
廠牌/型號：Applied Biosystems / Voyager DE PRO
是目前普遍使用之蛋白質體學研究工具；利用雷射光提供能量藉由介質的輔助將蛋白質分子氣化成為帶電荷的離子，再以飛行時間質量分析器量測質荷比，進而求得精確蛋白質分子質量。 配合蛋白酶之水解作用，即能完成蛋白質之身分鑑定分析。
廠牌/型號：Applied Biosystems Sciex / TripleTOF® 6600 ; QSTAR® Elite
屬於串聯式質譜儀，具有四極棒與飛行時間兩種質量分析器；先利用液相層析儀將蛋白質樣品做初步分離，再以電噴灑法將蛋白質分子離子化，經由串聯之質量分析器分析，可求得精確蛋白質分子質量，並由第二次質譜圖(MS/MS)求得序列，用來分析較複雜之蛋白質樣品。在蛋白質鑑定、轉譯後修飾作用分析、蛋白質差異化表達、蛋白質相對定量及其他蛋白質體學之研究上是一不可或缺之重要工具。
廠牌/型號：Thermo Electron / Finnigan LTQ XL
屬於離子阱質譜儀，可以進行多次串聯質譜分析(MSn)，配合電子轉移裂解(ETD)可有效分析轉譯後修飾與未知蛋白質；與液相層析儀完全整合，適用於複雜的蛋白質系統之分析。 蛋白質樣品之需求量較低，蛋白質身分鑑定之效能較高。